Bis 1954 gab es in Knysna einen Hafen, der vor allem für die Abfuhr
von Holz verwendet wurde. Eine schmalspurige Eisenbahnstrecke, die Knysna-Forest-Raolway, verband diesen Hafen zwischen 1907 und 1949 mit den Holzabbaugebieten und Sägewerken.

Im Jahre 1928 wurde Knysna an das Netz der früheren South African Railways angebunden, wodurch der Hafen an Bedeutung verlor.

Zwischen der Nachbarstadt George und Knysna verkehrte bis August 2006 eine historische Dampfeisenbahn, der Outeniqua Choo-Tjoe.
Dieser Zug war zuletzt einer der wenigen planmäßig verkehrenden
Dampfzüge im Land und war wegen der spektakulären Strecke entlang der
Küste bei Eisenbahnfreunden und Touristen beliebt.